En las casi tres décadas que tiene el Partido Verde Ecologista de México también ha sido protagonista de escándalos vinculados con portación de dinero en efectivo, y recepción de sobornos. Arturo Escobar en 2009 fue captado por cámaras de seguridad del Aeropuerto Internacional de Chiapas con una maleta Louis Vuitton repleta de billetes que sumaban 1.1 millones de pesos, mismos que relacionó su propiedad a Fernando Castellanos Cal y Mayor, su asistente y quien años después se convertiría en alcalde de Tuxtla Gutiérrez por el Verde. En 2015, Arturo Escobar fue acusado por la entonces Fiscalía Especializada para la Atención de Delitos Electorales (Fepade) quien giró una orden de aprehensión en su contra, por presunta recepción de aportaciones en efectivo y especie, prohibidas por la ley.  En 2003, Jorge Emilio González Martínez, El Niño Verde, fue grabado durante una plática con empresarios, quienes le pedían su colaboración —a cambio de dinero— para construir en una zona de Cancún, Quintana Roo, municipio que en ese entonces gobernaba su partido. “¿Cuánto dinero nos va a tocar?”, se escucha decir al entonces senador, quien luego alegaría que lo habían “chamaqueado”. González Martínez también estuvo involucrado en la muerte de la bailarina búlgara Galina Chankova Chanev. Según un reportaje publicado por un medio de comunicación local, El Niño Verde había organizado una fiesta en el complejo Emerald de Cancún. En la fiesta estaba la bailarina que, luego de ser violada, se habría provocado la muerte arrojándose por el balcón de la propiedad. Sin embargo, la Procuraduría de Justicia de Quintana Roo determinó que no tenía responsabilidad en la muerte, porque la mujer se había suicidado.

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