Graves consecuencias ecológicas son las que se esperan durante los siguientes años debido a las modificaciones que se han venido haciendo a la desembocadura del Río Ameca por parte de una empresa hotelera asentada en sus márgenes.  Lo anterior fue señalado por Bartolo Cruz, investigador del Centro Universitario de la Costa (CUCosta), al hablar sobre las obras que se realizan en los márgenes por parte de la empresa Vidanta, así como de algunas cribadoras.   “Debe afectar porque ya hay una modificación de la boca natural y bueno una de las afectaciones que se tienen principalmente es todo el movimiento de la fauna silvestre, es decir, cuando modificas un ecosistema, no afectas nada más aun elemento, afectas muchos otros: fauna, tenemos problemas con cocodrilos en este momento, podemos tener problemas con inundaciones, ya lo vivimos hace un tiempo se cayó el puente, se inundaron colonias como Valle Dorado, casi llegando a Nuevo Vallarta; entonces ¿qué se puede esperar?, precisamente unos desastres ecológicos ahí”.  Señaló que esto ha traído otras consecuencias, como el hecho de la cada vez más constante interacción de humanos con cocodrilos, lo que supone un grave peligro tanto para el saurio como para el hombre.