Necaxa terminó su participación en el Clausura 2024 de la Liga MX luego que toda la fase regular fue el equipo sensación luego que con un equipo de bajo presupuesto, estuviera dentro de los primeros lugares en gran mayoría de las jornadas. Luego de la eliminación, Édgar Méndez se convirtió en el primer jugador en despedirse de los Rayos, pues a pocos minutos de haber sido eliminado de la Liga MX, mandó un mensaje de despedida a la afición donde agradeció los dos años de apoyo incondicional para el equipo. "Un día muy triste, queríamos más y poder seguir caminando juntos, pero no pudo ser, sé que este es el camino. No tengo la mejor duda de que es el principio de cosas muy grandes, solo me queda agradecerles el apoyo durante estos dos años. Los llevaré siempre en mi corazón", escribió el jugador español. En este Clausura 2024, bajo las órdenes de Eduardo Fentanes, Édgar Méndez jugó un total de 15 partidos pero solamente en cuatro fue titular, sumando 520 minutos jugados, donde marcó cuatro goles y recibió tres tarjetas amarillas.