Tras celebrarse la continuación de la audiencia inicial y luego de escuchar los argumentos tanto de la Fiscalía como de la defensa del imputado, el Juez consideró que los datos de prueba aportados por esta representación social eran aptos y suficientes por lo que le inició proceso al imputado. José Manuel S. es señalado de haber autorizado y ordenado diversas acciones al interior del lugar en donde fue asesinado el exmandatario estatal, lo que facilitó el accionar de los autores materiales de los hechos y la alteración de la escena del crimen. Derivado de las investigaciones que realizó la dependencia estatal por estos hechos, se obtuvieron diversos datos de prueba en contra del imputado por lo que se solicitaron ante el Órgano Jurisdiccional dos órdenes de aprehensión en su contra, las cuales fueron concedidas. Como se dio a conocer, las ordenes de aprensión su cumplieron el pasado 9 de abril en la delegación Cuauhtémoc mediante elementos de la Fiscalía General de la Ciudad de México, por lo que posteriormente la Secretaría de Marina para lo custodió y trasladó a Puerto Vallarta. Una vez vinculado a proceso el juez ordenó como medida cautelar la prisión preventiva oficiosa por un año por lo que ve al homicidio, y justificada de un año por el encubrimiento.